随着农业生产的发展，农作物对土壤肥力的要求越来越高。有机肥料因其含有大量有益微生物，能改善作物营养状况，固定氮素，活化土壤养分，营造良好的土壤微生态环境，促进农作物健康生长，正受到越来越多农民的欢迎，但似乎许多农民对微生物菌剂的认识和使用还存在许多误区。

误区一：菌越多越好。实际上，微生物菌剂的效果受不同菌株生长习性的影响，多种不同的菌不合理的连接，很容易引起菌株之间的对抗，另外，它不仅取决于菌的数量，还取决于活性菌的数量，因为最终只有活菌在田间工作，而且菌的纯度非常重要，如果产品中的杂菌数量和比例超标，产品的效果就不会很好。对于一些无良厂家生产和销售的不合格产品，甚至含有致病菌，购买和使用这类产品不但不会有很好的效果，还可能会通过传播病原菌引起病害。

误区二：施用菌肥一年就足够了。如果在土壤上施用好的微生物菌剂，微生物在相应的环境中大量繁殖，甚至成为土壤中的优势菌群，这对提高土壤生物肥力有长期影响。但通过外部环境的改变，如过量使用化肥、使用杀菌剂、高温封闭大棚等都会导致有益菌死亡，为了保持有益菌在土壤中的优势地位，有必要在培养物生长期反复施用微生物菌剂补充有益菌。

误区三：微生物菌剂可以代替化肥。土壤的肥力是物理、化学、生物肥力，使用微生物菌剂可以提高土壤的生物肥力，间接促进土壤的化学和物理肥力，然而，使用微生物菌剂不能完全取代化肥，顶多可以减少一些化肥的投入。