人们常说的复合微生物肥料实际上是一种微生物培养基,一种微生物群体。这些微生物菌剂可以是一个或多个用于作物生长的微生物群落。由于农业上使用的微生物菌剂往往与泥炭、有机肥等有机质含量高的基质混合使用，传统上把微生物菌剂称为复合微生物肥料，俗称“菌肥”。

复合微生物肥料的作用机理不同于化肥，可提供一种微生物群落的“单一微生物肥料”或“特定微生物菌剂（肥料）”，可提供两种以上微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。微生物菌剂按微生物的功能可分为微生物固氮菌和腐解菌。在农作物上的推广应用，复合微生物肥料可以提高无机肥的有效利用率。

复合微生物肥充分结合了无机肥、有机肥和有益微生物，实现了1+1+1>3的功能，它不仅为作物生长提供氮磷钾和中微量元素，而且为作物提供有机质和有益的活性细菌。有机质能促进氮、磷、钾的吸收，加速微生物对有机质的分解，促进微生物繁殖。

因此，随着土壤中枯草芽孢杆菌数量的增加，土传真菌病和根结线虫病可以得到有效的生物防治，防治率可高达70-80%，相当于化学农药的防治效果，减少化学农药的使用，提高农产品产量和抗连作能力。

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