微生物菌剂是指以畜禽粪便、农作物秸秆等动植物残渣为主要原料，经无害化处理、分解而成的具有微生物肥料和有机肥作用的肥料。这是生物菌应用的一个重大进展。

农用微生物菌剂是一种活性菌产品，是由一种或多种功能性微生物（有效活菌）经工业生产和增殖后直接使用，或经浓缩或载体吸附而成的制品。它具有菌数量多、用量少、使用功能多样、产品种类多、适用对象广、与试验设计和效果评价相关的各种参数和指标多样等特点。有9个品种，包括：根瘤菌、固氮菌、溶磷菌、硅酸盐菌、光合菌、有机物腐熟剂（秸秆、粪便等）、促生长菌、复合菌、菌根菌和生物修复菌（农药残留降解、作物残茬清除）。适用范围：农作物、土壤、秸秆（腐熟剂）、农残类型（修复剂）。

微生物菌剂中没有其他营养成分（n+P2O5+K2O、中微量元素、生物菌蛋白、有机质、活性炭、活性钙、腐殖酸等），只是单纯地活菌制剂，这是微生物菌剂与微生物肥料较为明显的区别。微生物菌剂中菌种纯度高，有效活菌含量≥50亿/g，微生物肥料中活菌数量一般在2000万/g以上。

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