一、改良土壤结构。腐殖质是有机土壤的主要成分，如果在土壤中施用有机肥，新的腐殖质是由微生物分解和缩合形成的，对形成良好的土壤结构有积极作用。

二、改善土壤物理性质，提高土壤和毛细管的保水能力，减少蒸发，提高土壤有效含水量，增加作物的抗旱能力。

三、提高土壤的保肥保水性能，提高土壤酸碱变化的缓冲能力，随着有机肥用量的增加，土壤腐殖质含量增加，养分变化的可能性提高，同时，有机肥中的腐殖酸与不同的阳离子很容易结合，在土壤中形成腐殖酸盐，从而提高了土壤的缓冲能力。

有机肥料可以提供植物所需的养分，提高土壤养分的利用率，由于植物每年都要从土壤中吸收大量养分，保持和进一步改善土壤养分的储存是土壤改良中的一个重要问题，有机肥料的使用起着非常重要的作用，有机肥料含有作物所需的养分。当应用于土壤中时，可在作物吸收利用的微生物的影响下持续释放，对植物微量元素的补充起着特别重要的作用，提高磷的有效性。

另外，有机肥原料可以提高土壤微生物和酶的活性，土壤微生物活性是衡量土壤肥力的重要指标之一，一般来说，土壤本身很难为土壤微生物提供有效的能量。肥料是微生物有机土壤能量的主要来源，有助于提高土壤肥力。