在微生物肥料中，大量功能微生物进入土壤后，有用菌在繁殖过程中分泌大量氨基酸。有机酸和无机酸完全溶解土壤中的固体磷、钾和微量元素，迅速分解有机质，使无效养分转化为有效养分，可被植物吸收利用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量次生代谢产物，促进了土壤团聚体结构的形成。

团聚体结构的形成可以使土壤松软，提高水和肥料的养护性能，使水、空气和热量更加相容，消除土壤硬化，它促进了节水、保肥、通风和根系发育，为植物提供了一个舒适的生长环境。土壤理化性质的改善加强了土壤微生物的活动，以大限度地分解和转化有机物，生产各种营养物质和有魅力的物质，促进作物的快速发展。

功能性微生物菌在培养物的根部形成优势种群，抑制或拮抗有害病原体的生长繁殖，有效防止植物病害的发生，大限度地阻断土壤传播的病害，恢复土壤生态平衡，使土壤更适合植物生长，最终达到增产增收的目的。

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