生产有机肥的原料具体可分为：牲畜粪便：如鸡、牛、羊、马、兔粪；生活垃圾：如厨房垃圾；工业垃圾：如醋糟、木薯渣、糖渣、饲料渣等；农业垃圾：如秸秆，豆粕、棉粕等；污泥：如河道污泥、下水道污泥等；
使用菌肥时，应考虑以下方面：
1、对于含硫量高的土壤以及锈水田，不宜使用生物菌肥，因为硫会杀死生物菌类，一般翻浆水田不需要撒施，喷洒效果更明显。
2、施用菌肥的较佳温度为25℃～37℃；，低于5℃，高于45℃，施用效果不好，不适宜于高温、低温、干旱的农田。
3、应注意的是，菌肥不应与杀菌剂、杀虫剂、除草剂、硫肥料和秸秆混合使用，因为这些药物和肥料很容易杀死生物菌，或者先施用菌肥，48小时后再施用药物，如果你混合种子，不要与化学物质混合，也要防止与未成熟的农家肥料混合。
4、对于多年使用化肥的农田，使用生物菌肥不能减少化肥和有机肥的使用。由于作物对化肥的依赖性，氮肥不能立即取代生物菌肥。因此，更换量应分别为30%、40%和60%。在第二年和第三年。磷钾肥只能补充，不能减少。
5、生物菌肥不是一种速效肥料。在关键期和营养吸收时间前7-10天使用，微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、基肥、追肥、沟施或穴施。因此，应注意：首先，不要在打开包装袋后长期不用，肥料在家里购买后应尽快撒到地里，打开包装袋后应尽快用，打开包装袋时可能会有其他细菌浸入在袋子里，会改变微生物，影响其使用；二是避免在高温、干燥的条件下使用；高温、干旱会影响微生物群落的生存和繁殖；第三：避免与未熟肥或酸肥混用，这两种肥料会因温度或酸度影响微生物肥料的正常功能。化学农药能不同程度地抑制微生物的生长繁殖，甚至杀死微生物。
随着科学技术的不断发展，通过对有益菌群的人工筛选、分离、驯化和培养，有益菌群可以进入无害化有机肥料中，产生多种不同类型的生物肥料，改善土壤质量，减少环境污染，提高施肥效率等。

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