常用的复合微生物肥料实际上是一种微生物菌剂，是一种微生物群体。这些微生物菌剂可以提供一个或多个有利于作物生长的微生物群体。由于农业中使用的微生物菌剂往往与泥炭、有机肥等有机质含量较高的基质混合，因此微生物菌剂通常被称为复合微生物肥料，俗称“菌肥”。
复合微生物肥料的作用机理与化学肥料有着本质的区别。它可以提供一种被称为“单一微生物肥料”或“特定微生物菌剂（肥料）”的微生物群体；它可以提供两种以上的被称为“复合微生物菌剂（肥料）”的微生物群体。根据微生物的作用，微生物菌剂可分为“固氮菌”和“分解菌”。在作物上推广应用复合微生物肥料，不仅可以提高无机肥的有效利用率，而且可以使土壤中的有益放线菌数量增加8.4倍，固氮菌增加了39倍，从而活化了蔬菜和松树土壤，提高了土壤肥力，有益微生物菌的大量生长，活化后可在土壤中沉积多年，供作物吸收利用。
复合微生物肥料充分结合无机肥、有机肥和有益微生物，实现了功能互补，真正实现了1+1+1>3的功能。它不仅为作物生长提供npk和微量元素，而且为作物生长提供有机质和有益的活性细菌。有机质能促进氮、磷、钾的吸收，加速微生物对有机质的分解，促进微生物对有机质的繁殖。

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