微生物菌剂肥效持续时间长，可减少化肥用量，无毒无害。大量的化肥和农药对土壤造成了不同程度的污染，产生了一定的毒性。在污染土壤中生长的作物不仅会造成生长障碍，而且会对人类造成危害。消除土壤污染是环境治理的重要内容。
盐碱地的共同特点是有机质含量低，土壤理化性质差，对作物生长有害的阴阳离子较多，土壤肥力低，育苗困难。盐碱地不易育苗，施肥的一般原则是增加微生物复合肥和生物有机肥的施用量，并适当控制化肥的施用量。基肥应多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥用量，而化肥应尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。根据情况进行追肥，避免过度，在条件允许的情况下，可大量采用秸秆还田和耐盐碱绿肥种植，减少盐碱对农作物的危害。
粘土地一般含有大量的有机和无机胶体，土壤保肥能力强，养分不易流失。但施肥后土壤肥力供应缓慢，肥效缓慢。这种土壤“发老苗不发小苗”，肥效慢而长，土壤紧实，渗透性差，作物生根困难。在这类土壤中施用复合微生物肥和生物有机肥，可以通过丰富的有机质和有益的微生物活性，增加土壤的渗透性，提高肥水保水能力。这种土壤性质阴暗。少量生马粪配施复合微生物肥和生物有机肥，效果更佳。
沙质土地应施用生物有机肥，以提高土壤有机质含量，提高土壤保肥能力。由于沙质土通风条件好，土壤温暖，有机质易分解，不完全分解有机肥的施用受影响较小。在有条件的地区种植耐瘠薄的绿肥，可以改善土壤理化性质。
当微生物菌剂作用于土壤时，有益微生物在土壤中迅速繁殖，产生多种有益的作物代谢产物。这些代谢产物可以刺激或调节作物生长，使作物健壮，达到增产的目的。它不仅为作物生长提供npk和微量元素，而且为作物生长提供有机质和有益的微生物活性菌。此外，微生物菌剂中的一些菌株还可以分泌刺激素和维生素，刺激作物生长，使作物强壮，改善营养状况。
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